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20世纪80年代初，中国正值改革开放和振兴经济的重要发展时期。新技术革命及其带来的科学技术的重大发现、发明和广泛应用，推动世界范围内生产力、生产方式和经济社会发展观发生了前所未有的深刻变革，也引起全球经济格局和利益格局发生了前所未有的重大变化。为了适应科技经济发展的新趋势，迎接世界新技术革命的挑战，1985年3月党中央做出了《中共中央关于科学技术体制改革的决定》，提出中国的经济建设必须依靠科学技术、科学技术工作必须面向经济建设的战略方针。同时指出：为加快新兴产业的发展，要在全国选择若干智力资源密集的地区，采取特殊政策，逐步形成具有不同特色的新兴产业开发区。为落实中央精神，国务院于90年代初批准建立国家高新技术产业开发区，一大批科技人员纷纷进入高新区创办高新技术企业，由此拉开了中国高新技术企业发展的序幕。
为了扶持技术创业，促进高新技术企业的快速发展，国务院于1991年发布《国家高新技术产业开发区高新技术企业认定条件和办法（国发[1991]12号）》，授权原国家科委组织开展国家高新技术产业开发区内高新技术企业认定工作，并配套制定了财政、税收、金融、贸易等一系列优惠政策。其后，根据形势的需要，1996年将高新技术企业认定范围扩展到国家高新区外（国科发火字[1996]018号）。1999年中共中央、国务院召开科技大会之后，再次修订了国家高新区内高新技术企业认定标准（国科发火字[2000]324号）。
2006年1月，中国召开了具有划时代意义的全国科学技术大会。在这次会议上，胡锦涛总书记明确指出：“当今时代，人类社会步入了一个科技创新不断涌现的重要时期，也步入了一个经济结构加快调整的重要时期。面对世界科技发展的大势，面对日趋激烈的国际竞争，我们只有把科学技术真正置于优先发展的战略地位，真抓实干，急起直追，才能把握先机，赢得发展的主动权。”。在2007年10月召开的党的第十七次代表大会上，胡锦涛总书记又明确提出：“提高自主创新能力，建设创新型国家。这是国家发展战略的核心，是提高综合国力的关键。要加快建立以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系，引导和支持创新要素向企业集聚，促进科技成果向现实生产力转化。”
为适应新的形势发展，全面贯彻落实党的十七大精神和中共中央、国务院《关于实施科技规划纲要增强自主创新能力的决定》，配合落实2007年3月全国人大通过的《企业所得税法》有关对国家重点扶持的高新技术企业的优惠政策，大力提升中国高新技术企业的自主创新能力，实现产业升级发展，科技部在总结以往高新技术企业认定管理工作的基础上，会同财政部、国家税务总局共同制定新的《高新技术企业认定管理办法》，并于2008年4月14日正式发布。配套文件《高新技术企业认定管理工作指引》也于2008年7月8日正式印发。它标志着，20世纪90年代出台的高新技术企业认定管理办法，在完成了国家赋予的使命之后退出了历史舞台，一个新的高新技术企业发展时代正式到来。
新的《高新技术企业认定管理办法》（以下简称《认定办法》）有以下五个特点。
新政策的总体目标。出台新的高新技术企业认定管理政策的总体目标是：要在建设创新型国家的战略指引下，通过鼓励创新的政策导向和新税制优化产业结构的引导功能，进一步增强中国高新技术企业以自主研发为核心的综合创新能力，通过创新驱动、内生增长的新型发展方式，来促进新时期中国高新技术产业的升级发展。为中国产业结构调整和提高国家核心竞争力服务，为建设创新型国家的宏伟战略目标做出积极的贡献。
新政策明确规定了企业研发和创新能力的具体衡量指标。原有的高新技术企业认定办法存在一个很大的不足，就是没有规定关键认定指标的测度依据，特别是对研究开发活动一直没有给出评价标准和费用归集标准，致使各地在实际操作时，缺乏统一可测的标准。为了解决这个问题，新办法经过大量调研，借鉴国际经验（OECD、美国、韩国），结合中国实际，确定了企业研究开发活动界定标准及费用归集标准。同时，对科技人员、研究开发人员、自主知识产权、科技成果转化能力等相应指标也给予了明确说明。认定标准规范统一，避免了认定工作的随意性。
在新的高新技术企业认定工作中，用《国家重点支持的高新技术领域》取代了原《高新技术产品目录》。20世纪90年代出台的高新技术企业认定管理办法，是针对国际上高新技术产业蓬勃兴起，国内外差距较大的情况下制定的。当时在许多领域建立生产能力是第一位的问题，编制《产品目录》用来界定高新技术企业具有历史的合理性。但是，随着时间的推移，以《产品目录》为导向来认定高新技术企业已不适应中国科技、经济快速发展的要求，造成一些地方将只具备产品生产加工能力，不从事自主研发，长期处于高新技术产业链和价值链低端的加工型企业也被认定为高新技术企业。同时，大量伴随着现代服务业发展起来的从事技术开发和技术服务的企业又不能被纳入高新技术企业的范畴。因此，为了实现以自主研发和创新为核心来认定高新技术企业，新《认定办法》在认定工作中取消了《高新技术产品目录》。
新《认定办法》根据国家中长期科技发展规划和“十一五”发展规划，结合节能减排、保护环境、促进民生的重点任务，配套编制了《国家重点支持的高新技术领域》，用来判断企业所进行的研究开发与产业化活动是否具有创新性，是否符合国家重点支持方向，同时兼顾支持技术型服务业，并将成熟技术和不符合国家产业政策的领域排除在外，避免了《产品目录》的局限性。
根据形势的发展，适时对企业研发费用占销售收入的比例进行了调整。新《认定办法》根据形势的发展和中国企业的实际情况，按照不同的企业规模，对研发费用占销售收入的比例进行了必要的调整。
20世纪90年代，中国的高新技术企业大都处于创业发展阶段，企业主要从事技术开发和产品开发，销售规模较小，原认定办法把企业研发费用占销售收入的比例定为5％，符合当时中国高新技术企业的发展情况。
进入21世纪以来，中国高新技术企业取得了较大发展，经济规模增长迅速。同时也呈现出一个规律：随着经济规模的扩大，企业的研发投入占销售收入的比例较初创期有所降低。这是因为，初创期的企业主要从事技术和产品开发活动，在这个阶段，企业研发投入大，销售收入少，因此研发投入的比重较大。当企业度过初创期后，随着经济规模的扩大，企业除了将一部分经费用于研究开发外，还需投入大量经费用于市场开拓和扩大生产能力，因此在这个阶段，研发投入的比重较初创期有所降低。
通过对全国高新技术企业研发强度的统计分析，考虑到中国不同规模企业的发展现实，新《认定办法》对企业研发费用占销售收入的比例进行了适度调整，将销售收入为5000万以下企业，比例定为6％；销售收入为5000万～2亿的企业，比例定为4％；销售收入为2亿元以上的企业，比例定为3％。这样做既能引导企业保持较高强度的研究开发投入，符合国家自主创新的政策导向，又能适应不同规模企业的客观发展规律，执行起来更加合理可行。
新政策在管理体制方面的创新。为适应新的形势和工作要求，新办法加大了部门合作与政策协调力度。科技部、财政部、国家税务总局建立了部门合作与政策协调的长效机制，构建责权分明、监管与操作分离的认定管理工作体系。新办法设立了“部门决策、地方认定、机构监管”的认定管理工作体系。科技部、财政部、国家税务总局三部门联合成立认定工作领导小组，作为决策层，研究决定高新技术企业认定工作原则，解决科技、财政、税务部门在高新技术企业认定及相关政策落实中出现的重大问题。
认定工作领导小组下设办公室，作为监管层，负责认定工作的备案管理，监督、检查全国高新技术企业认定工作和相关政策的落实情况。省级科技部门与同级财政、税务部门组成高新技术企业认定管理机构，作为认定机构，负责本地区高新技术企业认定工作，并通过会商制度及时解决高新技术企业认定及税收政策落实中出现的有关问题。此外，还通过公示公告、投诉处理、日常检查等措施加强过程监管，接受社会监督，充分体现了公共政策公开、公平、公正的原则，确保认定企业与享受政策同步进行。
